Wzór dzisiejszego herbu nawiązuje do odcisku owalnej pieczęci z 1513 roku przedstawiającego jelenia skaczącego wśród drzew. I choć jest to pieczęć ówczesnego Sądu Miejskiego można z całą pewnością stwierdzić, że posiada ona cechy herbu - najwcześniejszego, znanego nam znaku miasta. Niezwykle burzliwa historia Ełku, wielokrotnie powodowała, że miasto musiało odradzać się na nowo. Wraz z miastem zaś, pojawiała się jego nowa symbolika.
W 1669 roku, dziesięć lat po tragicznym w skutkach najeździe Tatarów na Ełk, Książe Fryderyk Wilhelm nadając miastu powtórnie prawa miejskie wprowadził również obowiązek posługiwania się pieczęcią z wyobrażeniem Janusa rzymskiego boga o dwóch twarzach. Nie są znane powody wprowadzenia nowego znaku być może miało to związek z imieniem ówczesnego burmistrza o tym imieniu, lub z próbą wkupienia się w łaski bożka - który wedle pogańskich wierzeń strzegł bezpieczeństwa bram i drzwi. Wyobrażenie Janusa funkcjonowało jako herb miasta przez okres trzech stuleci. Dopiero w 1967r. Uchwałą Miejskiej Rady Narodowej przywrócony został w herbie miasta motyw jelenia. Tak oto Ełk wrócił do swoich najstarszej tradycji heraldycznej. Podniesienie rangi miasta do stolicy biskupstwa zaowocowało kolejną zmianą wyglądu herbu. W 1999 roku Rada Miasta wprowadziła nowe elementy symbolizujące rolę miasta w strukturze administracyjnej kościoła katolickiego w Polsce - są to infuła na tle dwóch skrzyżowanych pastorałów. Pełne brzmienie Uchwały Rady Miasta z 18 maja 1999 roku w sprawie zmiany w statucie Gminy Miasta Ełku:
"Herbem Miasta Ełku jest: Biały jeleń,
którego kopyta, poroże oraz
język jest czerwony, skaczący w lewą stronę,
obok drzewostanu koloru złotego.
W lewym górnym polu tarczy infuła koloru czerwonego
na tle dwóch skrzyżowanych złotych pastorałów....". 
